Родился 5 марта 1947 г. в Москве в семье инженерно-технических работников. Учился заочно в МИИТе и работал на заводе бетонщиком-арматурщиком, поскольку был старшим из троих детей и помогал обеспечивать семью.
19 февраля 1967 г. пришёл в израильское посольство в Москве и сказал, что хочет эмигрировать в Израиль... 11 июня 1967 г. в день, когда СССР объявил о разрыве дипломатических отношений с Израилем в связи с Шестидневной войной, публично отказался от советского гражданства и потребовал предоставления ему возможности выехать в Израиль. 20 мая 1968 г. Яков Казаков написал письмо в Верховный Совет СССР, в котором осудил политику антисемитизма, потребовал освобождения от советского гражданства и провозгласил себя гражданином Израиля. В обращении к депутатам Верховного Совета СССР он написал: «Я не желаю быть гражданином страны, где евреи подвергаются насильственной ассимиляции, где мой народ лишается своего национального лица и своих культурных ценностей… Я не желаю жить в стране, правительство которой пролило столько еврейской крови… Я не желаю вместе с вами быть соучастником уничтожения государства Израиль…» В феврале 1969 г. получил разрешение на эмиграцию в Израиль и предписание в течение двух недель покинуть Советский Союз.
Принимал участие в Войне Судного дня (1973), где служил в одном танковом батальоне с будущим премьер-министром Израиля Эхудом Бараком. Учился в Технионе на химическом факультете, потом окончил Тель-Авивский университет и Колледж национальной безопасности. После окончания обучения работал офицером безопасности по предотвращению терактов в авиации в авиакомпании «Эль-Ал». Во второй половине 1977 года по предложению главы правительства Менахема Бегина начал работать в бюро по связям «Натив», которое занималось, в частности, нелегальной эмиграцией евреев из стран советского блока. 1 мая 1978 года приступил к работе в эмиграционном транзитном центре в Вене, одновременно сменив фамилию на ивритоязычную — Кедми. Карьера Кедми в МИД Израиля как дипломата была одновременно работой сотрудника спецслужбы под дипломатическим прикрытием.
В 1990—1992 годах занимал должность заместителя директора, с 1992 по 1999 год — директор «Натив». В 1999 году вышел в отставку. Заявляет, что именно он, Кедми обеспечил перенаправление потока еврейских эмигрантов с США на Израиль в октябре 1989 года, результатом чего стала массовая алия начала 1990-х гг. В октябре 1997 г. премьер-министр Израиля Биньямин Нетаньяху создал так называемую «специальную группу» — межведомственный комитет, который занимался проблемой иранской гонки вооружений и связями Ирана и России в военной области. Кедми был одним из ключевых членов этого комитета.
Книга мемуаров «Безнадёжные войны» («ивр. מלחמות אבודות»). Перевод книги на русский язык вышел в 2011 году. В 2017 году вышла книга Якова Кедми в соавторстве с Е. Я. Сатановским «Диалоги». Регулярно выступает в качестве политолога на российском телевидении и радио, особенно часто — на радиостанции «Вести-FM», а также в программе В. Соловьёва на телеканале «Россия».
2017-2018. Яков Кедми, экс-глава израильской спецслужбы "Натив". Ответы на вопросы. http://www.iton.tv